AT4G25550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.980 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cleavage/polyadenylation specificity factor, 25kDa subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cleavage/polyadenylation specificity factor, 25kDa subunit; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cleavage/polyadenylation specificity factor, 25kDa subunit (InterPro:IPR016706); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of CFIM-25 (TAIR:AT4G29820.1); Has 397 Blast hits to 397 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 171; Fungi - 88; Plants - 70; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 68 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13048519..13050873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22830.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 200 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSQVVNTY PLSNYSFGTK EPKLEKDTSV ADRLARMKIN YMKEGMRTSV EGILLVQEHN HPHILLLQIG NTFCKLPGGR LKPGENEADG LKRKLTSKLG 101: GNSAALVPDW TVGECVATWW RPNFETMMYP YCPPHITKPK ECKRLYIVHL SEKEYFAVPK NLKLLAVPLF ELYDNVQRYG PVISTIPQQL SRFHFNMISS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)