AT3G16980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerases M/15 Kd subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of two highly similar, non-catalytic subunits common to nuclear DNA-directed RNA polymerases II, IV and V; homologous to budding yeast RPB9. Appears to be redundant with At4g16265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB9A; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, transcription regulator activity, DNA binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: transcription, regulation of transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase V complex, DNA-directed RNA polymerase II, core complex; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, TFIIS-type (InterPro:IPR001222), DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit (InterPro:IPR001529), DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site (InterPro:IPR019761); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerases M/15 Kd subunit (TAIR:AT4G16265.1); Has 955 Blast hits to 950 proteins in 294 species: Archae - 163; Bacteria - 0; Metazoa - 246; Fungi - 231; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 185 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5794526..5795699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13276.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 114 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTMKFCREC NNILYPKEDK EQKILLYACR NCDHQEVADN SCVYRNEVHH SVSERTQILT DVASDPTLPR TKAVRCSKCQ HREAVFFQAT ARGEEGMTLF 101: FVCCNPNCGH RWRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)