AT2G23350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : poly(A) binding protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
polyadenylate-binding protein, putative / PABP, putative.Member of the Class II family of PABP proteins. Highly and ubiquitously expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
poly(A) binding protein 4 (PAB4); FUNCTIONS IN: RNA binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein (InterPro:IPR002004), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 (InterPro:IPR006515), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: poly(A) binding protein 2 (TAIR:AT4G34110.1); Has 520413 Blast hits to 486687 proteins in 21592 species: Archae - 10501; Bacteria - 294432; Metazoa - 110769; Fungi - 17969; Plants - 36260; Viruses - 34479; Other Eukaryotes - 16003 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9943209..9946041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71656.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 662 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQVQAPSSH SPPPPAVVND GAATASATPG IGVGGGGDGV THGALCSLYV GDLDFNVTDS QLYDYFTEVC QVVSVRVCRD AATNTSLGYG YVNYSNTDDA 101: EKAMQKLNYS YLNGKMIRIT YSSRDSSARR SGVGNLFVKN LDKSVDNKTL HEAFSGCGTI VSCKVATDHM GQSRGYGFVQ FDTEDSAKNA IEKLNGKVLN 201: DKQIFVGPFL RKEERESAAD KMKFTNVYVK NLSEATTDDE LKTTFGQYGS ISSAVVMRDG DGKSRCFGFV NFENPEDAAR AVEALNGKKF DDKEWYVGKA 301: QKKSERELEL SRRYEQGSSD GGNKFDGLNL YVKNLDDTVT DEKLRELFAE FGTITSCKVM RDPSGTSKGS GFVAFSAASE ASRVLNEMNG KMVGGKPLYV 401: ALAQRKEERR AKLQAQFSQM RPAFIPGVGP RMPIFTGGAP GLGQQIFYGQ GPPPIIPHQP GFGYQPQLVP GMRPAFFGGP MMQPGQQGPR PGGRRSGDGP 501: MRHQHQQPMP YMQPQMMPRG RGYRYPSGGR NMPDGPMPGG MVPVAYDMNV MPYSQPMSAG QLATSLANAT PAQQRTLLGE SLYPLVDQIE SEHAAKVTGM 601: LLEMDQTEVL HLLESPEALN AKVSEALDVL RNVNQPSSQG SEGNKSGSPS DLLASLSIND HL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)