AT1G49760.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : poly(A) binding protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
polyadenylate-binding protein, putative / PABP, putative, similar to poly(A)-binding protein GB:AAF66825 GI:7673359 from (Nicotiana tabacum). Highly and ubiquitously expressed. Member of the class II PABP family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
poly(A) binding protein 8 (PAB8); FUNCTIONS IN: RNA binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein (InterPro:IPR002004), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 (InterPro:IPR006515), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: poly(A) binding protein 2 (TAIR:AT4G34110.1); Has 986469 Blast hits to 485112 proteins in 21501 species: Archae - 20784; Bacteria - 581960; Metazoa - 196391; Fungi - 29721; Plants - 62748; Viruses - 68352; Other Eukaryotes - 26513 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18416740..18419753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72783.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 671 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQIQHQGQN ANGGVAVPGA AAAEAAAAAA GAAAAAAGAA QQGTTSLYVG DLDATVTDSQ LFEAFTQAGQ VVSVRVCRDM TTRRSLGYGY VNYATPQDAS 101: RALNELNFMA LNGRAIRVMY SVRDPSLRKS GVGNIFIKNL DKSIDHKALH ETFSAFGPIL SCKVAVDPSG QSKGYGFVQY DTDEAAQGAI DKLNGMLLND 201: KQVYVGPFVH KLQRDPSGEK VKFTNVYVKN LSESLSDEEL NKVFGEFGVT TSCVIMRDGE GKSKGFGFVN FENSDDAARA VDALNGKTFD DKEWFVGKAQ 301: KKSERETELK QKFEQSLKEA ADKSQGSNLY VKNLDESVTD DKLREHFAPF GTITSCKVMR DPSGVSRGSG FVAFSTPEEA TRAITEMNGK MIVTKPLYVA 401: LAQRKEDRKA RLQAQFSQMR PVNMPPAVGP RMQMYPPGGP PMGQQLFYGQ GPPAMIPQPG FGYQQQLVPG MRPGGSPMPN FFMPMMQQGQ QQQQQQQQQQ 501: RPGGGRRGAL PQPQQPSPMM QQQMHPRGRM YRYPQRDVNT MPGPTQNMLS VPYDVSSGGG VHHRDSPTSQ PVPIVALATR LANAAPEQQR TMLGENLYPL 601: VEQLEPESAA KVTGMLLEMD QTEVLHLLES PEALKAKVTE AMDVLRSVAQ QQAGGAADQL ASLSLGDNIV P |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)