AT5G06110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DnaJ domain ;Myb-like DNA-binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DnaJ domain ;Myb-like DNA-binding domain; FUNCTIONS IN: heat shock protein binding, DNA binding; INVOLVED IN: protein folding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253), MYB-like (InterPro:IPR017877), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DnaJ domain ;Myb-like DNA-binding domain (TAIR:AT3G11450.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1841009..1843000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75637.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 663 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQSWGINSAI KLLTYSSELK DGQALYASSN CHPVKALNRE PAGHAFHSAA LKLRGCAKEA TSKNEDTDKK VPKEKDGEYI PSYDSHNIKG KKKSGKLQHD 101: HYALLGLGNL RYLATDDQIR KSYRDAALKH HPDKLATLLL LEETEEAKQA KKDEIESHFK LIQEAYEVLM DSTKRRIFDS TDEFDDKVPT DCAPQDFFKV 201: FGPAFKRNAR WSNSPLPDLG DENTPLKEVD RFYSTWYTFK SWREFPEEEE HDIEQAESRE EKRWMERENA RKTQKARKEE YARIRTLVDN AYKKDIRIQK 301: RKDDEKAKKL QKKEAKVMAK RQQEEAAAAA IEEEKRRKEE EAKRAAEAAQ LHKRAKEREK KLLRKERSRL RVLSAPVLSQ RLLGISDEHV EDLCMSLNTE 401: QLRKLCDKME NKEGMALAKV IKNGSNIDDD KIEIEEEEVQ VAVKQNGHIE ANGHVEANGH VEAKVDTATH EKKEKPWSKE EIDMLRKGTT KFPKGTSQRW 501: EVISEYIGTG RSVEEILKAT KTVLLQKPDS AKAFDSFLEN RKPAASINSP LSTREELGEP IIPTKAHEDN NSTKTETAEQ NGKTKENNNS NGNSEPAAAS 601: GSDPDGWSAV QERALVQALK TFPKETNQRW ERVATAVPGK TMNQCKKKFA DLKDVIRTKK PTA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)