AT3G54540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : general control non-repressible 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of GCN subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
general control non-repressible 4 (GCN4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: general control non-repressible 3 (TAIR:AT1G64550.1); Has 605377 Blast hits to 341410 proteins in 3920 species: Archae - 11643; Bacteria - 492389; Metazoa - 10210; Fungi - 6724; Plants - 5978; Viruses - 55; Other Eukaryotes - 78378 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20190393..20192564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80485.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 723 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKKKSDESA ATTKVKPSGK DASKDSKKEK LSVSAMLAGM DQKDDKPKKG SSSRTKAAPK STSYTDGIDL PPSDEEDDGE SDEEERQKEA RRKLKSEQRH 101: LEISVTDKEQ KKREAKERLA LQAAESAKRE AMKDDHDAFT VVIGSKTSVL EGDDMADANV KDITIESFSV SARGKELLKN ASVRISHGKR YGLIGPNGMG 201: KSTLLKLLAW RKIPVPKNID VLLVEQEVVG DEKSALNAVV SANEELVKLR EEAEALQKSS SGADGENVDG EDDDDTGEKL AELYDRLQIL GSDAAEAQAS 301: KILAGLGFTK DMQVRATQSF SGGWRMRISL ARALFVQPTL LLLDEPTNHL DLRAVLWLEE YLCRWKKTLV VVSHDRDFLN TVCTEIIHLH DQNLHFYRGN 401: FDGFESGYEQ RRKEMNKKFD VYDKQMKAAK RTGNRGQQEK VKDRAKFTAA KEASKSKSKG KTVDEEGPAP EAPRKWRDYS VVFHFPEPTE LTPPLLQLIE 501: VSFSYPNRPD FRLSNVDVGI DMGTRVAIVG PNGAGKSTLL NLLAGDLVPT EGEMRRSQKL RIGRYSQHFV DLLTMGETPV QYLLRLHPDQ EGFSKQEAVR 601: AKLGKFGLPS HNHLSPIAKL SGGQKARVVF TSISMSKPHI LLLDEPTNHL DMQSIDALAD ALDEFTGGVV LVSHDSRLIS RVCAEEEKSQ IWVVEDGTVN 701: FFPGTFEEYK EDLQREIKAE VDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)