AT1G61040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plus-3 domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a yeast Paf1C subunit homolog required for the expression of the MADS box gene FLC and other members of the FLC/MAF MADS-box gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vernalization independence 5 (VIP5); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: positive regulation of transcription, DNA-dependent, negative regulation of flower development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plus-3 domain, subgroup (InterPro:IPR018144), Plus-3 (InterPro:IPR004343); Has 7244 Blast hits to 3723 proteins in 490 species: Archae - 2; Bacteria - 3364; Metazoa - 2087; Fungi - 627; Plants - 250; Viruses - 32; Other Eukaryotes - 882 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22483817..22485748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71323.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 643 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDLENLLLE AAGRTNSAGR SRHPPSSRRR EGSYSDGSSD SRDDSDEDRG YASRKPSGSQ VPLKKRLEAE REDRAARVEG GYGDGPSDRE GDSSEESDFG 101: DDLYKNEEDR QKLAGMTEFQ REMILSERAD KKGDKNFTEK LRSKRESEKT PVSKKETQPL PASRGVRSSA RSADRAAAKD DALNELRAKR MKQQDPAALR 201: KLRDASKGGS GSRDFSSTKR KPLASSNLSS SSQSDSDSRS QSDDEGSNGG MLDSDDDRSD VPTFEDVKEV TIRRSKLAKW LMEPFFEELI VGCFVRVGIG 301: RSKSGPIYRL CWVKNVDATD PDKTYKLENK TTHKYLNVVW GNETSAARWQ MAMISDGHPL EEEYRQWIRE VERTNGRMPT KQDISEKKEA IQRTNSFVYS 401: AETVKQMLQE KKSASVRPMN VAAEKDRLRK ELEIAQSKND EAGVERIKSK IKQLDASRNK KGVDKKALKL AEMNKKNRAE NFKNASEVKS ITASLKAGEA 501: GYDPFSRRWT RSSNYYNGKN KGKDGEENEA AVAAAVETNG ADAGAGVEAT EAALEAAAEA GKLIDTRAPI GQGAEHNQLH NFELSLSLTA LQKYGGPQGV 601: QKAFMARKQL TEATVGCRVA ENDGKRHGLT LTVSDYKRRR GLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)