AT1G04860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 2 (UBP2); FUNCTIONS IN: ubiquitin-specific protease activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome complex, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, UBP-type (InterPro:IPR001607), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 1 (TAIR:AT2G32780.1); Has 10400 Blast hits to 6714 proteins in 274 species: Archae - 0; Bacteria - 50; Metazoa - 5279; Fungi - 1927; Plants - 1459; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1680 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1369306..1372290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 105158.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 961 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKKAKKKAR APTKEIQTME ISKKVSEEPP SQAGEIAEGD VKAVKETQAC VHFDKALNLE KVLDKIKSSR QIKCAECNEG VYGKRGTKAK GSKGKKDFSS 101: SDPKSNNKAI WLCLECGCYV CGGVGLPNGP QSHVLRHSRV TRHRLVIQWE NPQLRWCFPC QLLLPVEKED NGEKKDVLSE VVKLIKGRSL NNLASSDIED 201: QCSGSGSITS DIKLEGAVTS DIEARDGYVV RGLVNLGNTC FFNSIMQNLL SLDRLRDHFL KENGSGVGGP LASSLRKLFT ETKPEAGLKS VINPRAFFGS 301: FCSKAPQFRG YDQHDSHELL RCLLDSLSTE ESALRKKRGV SDNDEKSTTL IESVFGGETS SIVSCMECGH SSKVYEPFLD LSLPVPFKKS PPKKPQPVSR 401: AKKAKLPPKR VPKNVSKVSK VSKVLPGMVL SELNSSGKSM AVTADSDTSC SSLAPLDNGP VLETPSVLTL DNNQASESAS QSDTGFDGSW LDFIGPETSG 501: DETNLDMQED GIDNVITAEV NQIVPSPNIV ANSSVSSGDQ TLEGNTERLM QDYEEIAKAE ANLDEKDVQA MQSDECPATS GISAEFSQAS CIGCDPGIGE 601: SSSSVNPWDE EELPLVVADS QILYMPYKEI SCNDKSVEGE CEASSSFVTG DHEPQNSDFV DFGGLFDEPE TTEGPVFGPP SKAEASGVGF MAFSSESDPE 701: EIDDSDLPVS VERCLGHFTK HEILSDDNAW NCENCSKNLK LQRLREKRKS NEDESRSSNT SNGWVKENED EGFGETEILA VKQDPNDTSC VKDHSSDGRK 801: AARIHSADES ESKGTQDEDE DSEKVITVKR DATKKVLINK APPVLTIHLK RFSQDLRGRL SKLNGHVAFK EVIDLRQYMD SRCSGEDPPV YRLAGLVEHS 901: GTMRGGHYVA YVRGGQRVKE TDSSSTAWYN VSDAYVRQVS LEKVLHSEAY ILFYERIFSQ E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)