AT1G03910.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cactin protein, cactus-binding domain, C-terminal (InterPro:IPR019134), Cactin, central region (InterPro:IPR018816); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT2G36815.2); Has 11711 Blast hits to 7382 proteins in 452 species: Archae - 31; Bacteria - 352; Metazoa - 6006; Fungi - 1138; Plants - 599; Viruses - 33; Other Eukaryotes - 3552 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:996432..1000231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78289.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 672 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSHGKGKRD RSGRQKKRRD ESESGSESES YTSDSDGSDD LSPPRSSRRK KGSSSRRTRR RSSSDDSSDS DGGRKSKKRS SSKDYSEEKV TEYMSKKAQK 101: KALRAAKKLK TQSVSGYSND SNPFGDSNLT ETFVWRKKIE KDVHRGVPLE EFSVKAEKRR HRERMTEVEK VKKRREERAV EKARHEEEMA LLARERARAE 201: FHDWEKKEEE FHFDQSKVRS EIRLREGRLK PIDVLCKHLD GSDDLDIELS EPYMVFKGLT VKDMEELRDD IKMYLDLDRA TPTRVQYWEA LIVVCDWELA 301: EARKRDALDR ARVRGEEPPA ELLAQERGLH AGVEADVRKL LDGKTHAELV ELQLDIESQL RSGSAKVVEY WEAVLKRLEI YKAKACLKEI HAEMLRRHLH 401: RLEQLSEGED DVEVNPGLTR VVEENEEEIN DTNLSDAEEA FSPEPVAEEE EADEAAEAAG SFSPELMHGD DREEAIDPEE DKKLLQMKRM IVLEKQKKRL 501: KEAMDSKPAP VEDNLELKAM KAMGAMEEGD AIFGSNAEVN LDSEVYWWHD KYRPRKPKYF NRVHTGYEWN KYNQTHYDHD NPPPKIVQGY KFNIFYPDLV 601: DKIKAPIYTI EKDGTSAETC MIRFHAGPPY EDIAFRIVNK EWEYSHKKGF KCTFERGILH LYFNFKRHRY RR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)