AT1G52980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GTP-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GTP-binding family protein; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP1/OBG (InterPro:IPR006073), GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), NGP1, N-terminal (InterPro:IPR012971); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTP-binding family protein (TAIR:AT3G07050.1); Has 37841 Blast hits to 9407 proteins in 1963 species: Archae - 139; Bacteria - 33291; Metazoa - 1149; Fungi - 897; Plants - 387; Viruses - 125; Other Eukaryotes - 1853 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:19737493..19740201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65041.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 576 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKKEKKANV SGKPKHSLDA NRADGKKKTT ETRSKSTVNR LKMYKTRPKR NAGGKILSNE YQSKELPNSR IAPDRRWFGN TRVVNQKELE YFREELQTKM 101: SSNYNVILKE RKLPMSLLTD NKKQSRVHLL DMEPFQDAFG RKTKRKRPKL VASDYEALVK KAAESQDAFE EKNGAGPSGE GGEEEDGFRD LVRHTMFEKG 201: QSKRIWGELY KVIDSSDVIV QVIDARDPQG TRCHHLEKTL KEHHKHKHMI LLLNKCDLVP AWATKGWLRV LSKEYPTLAF HASVNKSFGK GSLLSVLRQF 301: ARLKSDKQAI SVGFVGYPNV GKSSVINTLR TKNVCKVAPI PGETKVWQYI TLTKRIFLID CPGVVYQSRD TETDIVLKGV VRVTNLEDAS EHIGEVLRRV 401: KKEHLQRAYK IKDWEDDHDF LLQLCKSSGK LLKGGEPDLM TGAKMILHDW QRGRIPFFVP PPKLDNVASE SEVIVPGIDK EAIADNSQAA AALKAIAGIM 501: STQQQKDVPV QRDFYDEKDL KDDKKAKEST ETDAENGTDA EEDEDAVSED GVESDSDADE DAVSENDEED ESDSAE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)