AT5G62190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEAD box RNA helicase (PRH75) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DEAD/DEAH box RNA helicase PRH75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PRH75; FUNCTIONS IN: DEAD/H-box RNA helicase binding, ATP-dependent helicase activity; INVOLVED IN: RNA metabolic process; LOCATED IN: nucleolus, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), GUCT (InterPro:IPR012562), RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD box RNA helicase (RH3) (TAIR:AT5G26742.2); Has 57587 Blast hits to 49572 proteins in 3210 species: Archae - 795; Bacteria - 24538; Metazoa - 10953; Fungi - 6002; Plants - 4052; Viruses - 90; Other Eukaryotes - 11157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24980542..24983879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72894.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 671 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSLMLSDKK EEKKMKKKMA LDTPELDSKK GKKEQKLKLS DSDEEESEKK KSKKKDKKRK ASEEEDEVKS DSSSEKKKSS KKVKLGVEDV EVDNPNAVSK 101: FRISAPLREK LKANGIEALF PIQASTFDMV LDGADLVGRA RTGQGKTLAF VLPILESLVN GPAKSKRKMG YGRSPSVLVL LPTRELAKQV AADFDAYGGS 201: LGLSSCCLYG GDSYPVQEGK LKRGVDIVVG TPGRIKDHIE RQNLDFSYLQ FRVLDEADEM LRMGFVEDVE LILGKVEDST KVQTLLFSAT LPSWVKNISN 301: RFLKRDQKTI DLVGNDKMKA SNSVRHIAIP CNKAAMARLI PDIISCYSSG GQTIIFAETK VQVSELSGLL DGSRALHGEI PQSQREVTLA GFRNGKFATL 401: VATNVAARGL DINDVQLIIQ CEPPREVEAY IHRSGRTGRA GNTGVAVTLY DSRKSSVSRI EKEAGIKFEH LAAPQPDEIA RSGGMEAAEK VKQVCDSVVP 501: AFLEAAKELL ETSGLSAEVL LAKALAKTAG FTEIKKRSLL TSMENYVTLH LEAGKPIYSP SFVYGLLRRV LPDDKVEMIE GLSLTADKTG AVFDVKQSDL 601: DLFIAGAQKS AGSMSLEVVK VMPKLQEREP LPQKRFGGGG RGNRFGGGGG NRFGGGGGRG RGGSGGRGQR Y |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)