AT2G47420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein; FUNCTIONS IN: rRNA methyltransferase activity, rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity, rRNA (adenine) methyltransferase activity; INVOLVED IN: rRNA modification, rRNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal (InterPro:IPR020598), Ribosomal RNA adenine dimethylase (InterPro:IPR011530), Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site (InterPro:IPR020596), Ribosomal RNA adenine methylase transferase (InterPro:IPR001737); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein (TAIR:AT5G66360.2); Has 9871 Blast hits to 9860 proteins in 3038 species: Archae - 214; Bacteria - 6519; Metazoa - 271; Fungi - 146; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2601 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19457574..19458777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39689.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGGKIRKEK PKASNRAPSN HYQGGISFHK SKGQHILKNP LLVDSIVQKA GIKSTDVILE IGPGTGNLTK KLLEAGKEVI AVELDSRMVL ELQRRFQGTP 101: FSNRLKVIQG DVLKTELPRF DICVANIPYQ ISSPLTFKLL FHPTSFRCAV IMYQREFAMR LVAQPGDNLY CRLSVNTQLY ARVSHLLKVG KNNFRPPPKV 201: DSSVVRIEPR RPGPQVNKKE WDGFLRVCFI RKNKTLGSIF KQKSVLSMLE KNFKTLQAVL ASLQNNGEPA LNTTSMDLGD QSMGMEDDDN EMDDDDMEMD 301: EGEGDGGETS EFKEKVMNVL KEGGFEEKRS SKLSQQEFLY LLSLFNKSGI HFT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)