AT3G63400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding, RNA splicing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type, conserved site (InterPro:IPR020892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT2G21130.1); Has 55912 Blast hits to 37431 proteins in 3034 species: Archae - 126; Bacteria - 11048; Metazoa - 23197; Fungi - 5408; Plants - 3603; Viruses - 370; Other Eukaryotes - 12160 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23412449..23415435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63543.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 570 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTKKKNPNVF LDVSIGGDPV QRIVIELFAD VVPKTAENFR ALCTGEAGVG KSTGKPLHFK GSSFHRVIKG FMAQGGDFSN GNGTGGESIY GGKFSDENFR 101: LDHDGAGVLS MANCGPNTNG SQFFILFKRQ PHLDGKHVVF GKVVEGMAVI KKMELVGTSD GKPTSPVKII DCGETSQIRA HDAAEREKGK SKKSNKNFSP 201: GDVSDREAKE TRKKESNEKR IKRKRRYSSS DSYSSSSDSD SDSESEAYSS SSYESSSSSD GKHRKRKSTT RHKGRRGERK SKGRSGKKKA RPDRKPSTNS 301: SSDTESSSSS DDEKVGHKAI KSVKVDNADQ HANLDDSVKS RSRSPIRRRN QNSRSKSPSR SPVRVLGNGN RSPSRSPVRD LGNGSRSPRE KPTEETVGKS 401: FRSPSPSGVP KRIRKGRGFT ERYSFARKYH TPSPERSPPR HWPDRRNFQD RNRDRYPSNR SYSERSPRGR FRSPPRRRSP PRYNRRRRST SRSPDGYRRR 501: LRDGSRSQSP RHRSRSQSPR KRQPISQDLK SRLGPQRSPI RGGRTSPAES LSPSHSPSPP GKRGLVSYAD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)