AT2G45000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : structural constituent of nuclear pore | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2766 (EMB2766); FUNCTIONS IN: structural constituent of nuclear pore; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast, nuclear pore; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleoporin, Nsp1-like, C-terminal (InterPro:IPR007758); Has 235342 Blast hits to 95277 proteins in 3388 species: Archae - 819; Bacteria - 58190; Metazoa - 65863; Fungi - 46438; Plants - 10106; Viruses - 2707; Other Eukaryotes - 51219 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18564156..18567632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73485.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 739 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGFPFGQSN SVGGFSFGSS SATNSSSASS TTSPLSFSFN QSSNPSSTGF GFGSSVSSTP ASSTTPSFGF GASSTPSFGF GSSASSSTPS FGFGSSASVT 101: PASTTPSFGF GTAASSSAPA PSLFGSSTTN ASSAAPGSSP FGFVTSSASS TATPSSSLFG APASSAATPS SSPFGAAPAS GSTPLFGSSP SLFSAPSSAS 201: ASNSSLFGAS SSAATSTSPL FGAPSSATGA TPSFSVASSA PGSSSSIFGA TGSSPSFSVA SSASGSSPSI FGATGSSPFF GSSSSAGSTP SLFASSSSGA 301: TTSSPSPFGV STFNSSSTSN TSNASASPFS ASTGFSFLKS TASSTTSSTT PSAPPQTASS SSSFSFGTSA NSGFNLSTGS SAAPASSTSG AVFSIATTTT 401: TSSSTPAATS APASSAPAST MAFPSFGVTS SATNTTPASS AATFSTTGFG LASSTPATGS TNSFTGFAVP KTSTPASSSQ PQTTSPAFSF SLPSSTSTTA 501: PATSSATTTQ TTLVVPSSSG TSTAVAPVAG SPKLPSEITG KTVEEIIKEW NTELQERTGR FRKQANAIAE WDKRILQNRD VLLRLEIEVA KVVETQSSLE 601: RQLELIETHQ QEVDKALQSM EEEAERIYND ERKSLLDDEA ASTRDAMYEQ SELVERELEH MTEQIRSIIQ SVNANQGGEL EAIDGMSPLD VVVRILNNQL 701: SSLMWIDEKA EEFSSRIQKI ALQGSGGDRE LMAPKHWMS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)