AT3G49240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1796 (emb1796); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamine-rich protein 23 (TAIR:AT1G10270.1); Has 36492 Blast hits to 13612 proteins in 345 species: Archae - 36; Bacteria - 141; Metazoa - 341; Fungi - 345; Plants - 34345; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1284 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18256086..18257975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71296.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 629 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSISKAAFLN HLQTLSRSYR HRVLPQPFLA VRYMSFATQE EAAAERRRRK RRLRMEPPVN SFNRSQQQQS QIPRPIQNPN IPKLPESVSA LVGKRLDLHN 101: HILKLIREND LEEAALYTRH SVYSNCRPTI FTVNTVLAAQ LRQAKYGALL QLHGFINQAG IAPNIITYNL IFQAYLDVRK PEIALEHYKL FIDNAPLNPS 201: IATFRILVKG LVSNDNLEKA MEIKEDMAVK GFVVDPVVYS YLMMGCVKNS DADGVLKLYQ ELKEKLGGFV DDGVVYGQLM KGYFMKEMEK EAMECYEEAV 301: GENSKVRMSA MAYNYVLEAL SENGKFDEAL KLFDAVKKEH NPPRHLAVNL GTFNVMVNGY CAGGKFEEAM EVFRQMGDFK CSPDTLSFNN LMNQLCDNEL 401: LAEAEKLYGE MEEKNVKPDE YTYGLLMDTC FKEGKIDEGA AYYKTMVESN LRPNLAVYNR LQDQLIKAGK LDDAKSFFDM MVSKLKMDDE AYKFIMRALS 501: EAGRLDEMLK IVDEMLDDDT VRVSEELQEF VKEELRKGGR EGDLEKLMEE KERLKAEAKA KELADAEEKK KAQSINIAAL IPPKAVEEKK ETAKLLWENE 601: AGGVEEADVV EMAKGVEAGG SNGQDPPSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)