AT5G16070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, cellular protein metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperone, tailless complex polypeptide 1 (InterPro:IPR017998), T-complex protein 1, zeta subunit (InterPro:IPR012722), Chaperonin TCP-1, conserved site (InterPro:IPR002194); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP-1/cpn60 chaperonin family protein (TAIR:AT3G02530.1); Has 18279 Blast hits to 17892 proteins in 3676 species: Archae - 807; Bacteria - 8603; Metazoa - 2077; Fungi - 1456; Plants - 829; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4507 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5247549..5251050 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58931.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 535 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVRVLNPNA EVLNKSAALH MTINAAKGLQ DVLKSNLGPK GTIKMLVGGS GDIKLTKDGN TLLKEMQIQN PTAIMIARTA VAQDDISGDG TTSTVIFIGE 101: LMKQSERCID EGMHPRVLVD GFEIAKRATL QFLDNFKTPV VMGDEVDKEI LKMVARTTLR TKLYEGLADQ LTDIVVNSVL CIRKPEEAID LFMVEIMHMR 201: HKFDVDTRLV EGLVLDHGSR HPDMKRRAEN CHILTCNVSL EYEKSEINAG FFYSNAEQRE AMVTAERRSV DERVKKIIEL KKKVCGDNDN FVVINQKGID 301: PPSLDLLARE GIIGLRRAKR RNMERLVLAC GGEAVNSVDD LTPESLGWAG LVYEHVLGEE KYTFVEQVKN PNSCTILIKG PNDHTIAQIK DAVRDGLRSV 401: KNTIEDECVV LGAGAFEVAA RQHLLNEVKK TVQGRAQLGV EAFANALLVV PKTLAENAGL DTQDVIISLT SEHDKGNVVG LNLQDGEPID PQLAGIFDNY 501: SVKRQLINSG PVIASQLLLV DEVIRAGRNM RKPTA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)