AT1G61870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pentatricopeptide repeat 336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pentatricopeptide repeat 336 (PPR336); LOCATED IN: mitochondrion, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT1G11630.1); Has 31000 Blast hits to 9550 proteins in 270 species: Archae - 4; Bacteria - 23; Metazoa - 297; Fungi - 351; Plants - 29494; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 831 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22865326..22866552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45760.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 408 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLSRIRSS TSLFRHLNAS PQIRSLSSAS TILSPDSKTP LTSKEKSKAA LSLLKSEKDP DRILEICRAA SLTPDCRIDR IAFSAAVENL AEKKHFSAVS 101: NLLDGFIENR PDLKSERFAA HAIVLYAQAN MLDHSLRVFR DLEKFEISRT VKSLNALLFA CLVAKDYKEA KRVYIEMPKM YGIEPDLETY NRMIKVFCES 201: GSASSSYSIV AEMERKGIKP NSSSFGLMIS GFYAEDKSDE VGKVLAMMKD RGVNIGVSTY NIRIQSLCKR KKSKEAKALL DGMLSAGMKP NTVTYSHLIH 301: GFCNEDDFEE AKKLFKIMVN RGCKPDSECY FTLIYYLCKG GDFETALSLC KESMEKNWVP SFSIMKSLVN GLAKDSKVEE AKELIGQVKE KFTRNVELWN 401: EVEAALPQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)