AT1G07890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ascorbate peroxidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cytosolic ascorbate peroxidase APX1. Ascorbate peroxidases are enzymes that scavenge hydrogen peroxide in plant cells. Eight types of APX have been described for Arabidopsis: three cytosolic (APX1, APX2, APX6), two chloroplastic types (stromal sAPX, thylakoid tAPX), and three microsomal (APX3, APX4, APX5) isoforms. At least part of the induction of heat shock proteins during light stress in Arabidopsis is mediated by H2O2 that is scavenged by APX1. Expression of the gene is downregulated in the presence of paraquat, an inducer of photoxidative stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ascorbate peroxidase 1 (APX1); FUNCTIONS IN: L-ascorbate peroxidase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: cytosol, cell wall, chloroplast, plasma membrane, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant ascorbate peroxidase (InterPro:IPR002207), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ascorbate peroxidase 2 (TAIR:AT3G09640.2); Has 8811 Blast hits to 8057 proteins in 1265 species: Archae - 75; Bacteria - 2912; Metazoa - 21; Fungi - 794; Plants - 3291; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1718 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2438005..2439435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27562.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTKNYPTVSE DYKKAVEKCR RKLRGLIAEK NCAPIMVRLA WHSAGTFDCQ SRTGGPFGTM RFDAEQAHGA NSGIHIALRL LDPIREQFPT ISFADFHQLA 101: GVVAVEVTGG PDIPFHPGRE DKPQPPPEGR LPDATKGCDH LRDVFAKQMG LSDKDIVALS GAHTLGRCHK DRSGFEGAWT SNPLIFDNSY FKELLSGEKE 201: GLLQLVSDKA LLDDPVFRPL VEKYAADEDA FFADYAEAHM KLSELGFADA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)