AT5G01600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ferretin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ferretin protein that is targeted to the chloroplast. Member of a Ferritin gene family. Gene expression is induced in response to iron overload and by nitric oxide. Expression of the gene is downregulated in the presence of paraquat, an inducer of photoxidative stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ferretin 1 (FER1); FUNCTIONS IN: ferric iron binding, iron ion binding; INVOLVED IN: in 12 processes; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ferritin, N-terminal (InterPro:IPR001519), Ferritin-related (InterPro:IPR012347), Ferritin-like (InterPro:IPR009040), Ferritin, conserved site (InterPro:IPR014034), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078), Ferritin/Dps protein (InterPro:IPR008331); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ferritin 4 (TAIR:AT2G40300.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:228149..229594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28179.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 255 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNALSSFT AANPALSPKP LLPHGSASPS VSLGFSRKVG GGRAVVVAAA TVDTNNMPMT GVVFQPFEEV KKADLAIPIT SHASLARQRF ADASEAVINE 101: QINVEYNVSY VYHSMYAYFD RDNVAMKGLA KFFKESSEEE RGHAEKFMEY QNQRGGRVKL HPIVSPISEF EHAEKGDALY AMELALSLEK LTNEKLLNVH 201: KVASENNDPQ LADFVESEFL GEQIEAIKKI SDYITQLRMI GKGHGVWHFD QMLLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)