AT1G01880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.820 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 5'-3' exonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
5'-3' exonuclease family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding, catalytic activity, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: XPG N-terminal (InterPro:IPR006085), DNA repair protein (XPGC)/yeast Rad (InterPro:IPR006084), 5'-3' exonuclease, C-terminal subdomain (InterPro:IPR020045), Helix-hairpin-helix motif, class 2 (InterPro:IPR008918), XPG/RAD2 endonuclease (InterPro:IPR006086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: single-stranded DNA endonuclease family protein (TAIR:AT3G48900.2); Has 2133 Blast hits to 1941 proteins in 373 species: Archae - 274; Bacteria - 9; Metazoa - 492; Fungi - 719; Plants - 217; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 405 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:306558..308991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67196.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 599 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVGGNFWDL LRPYAQQQGF DFLRNKRVAV DLSFWIVQHE TAVKGFVLKP HLRLTFFRTI NLFSKFGAYP VFVVDGTPSP LKSQARISRF FRSSGIDTCN 101: LPVIKDGVSV ERNKLFSEWV RECVELLELL GIPVLKANGE AEALCAQLNS QGFVDACITP DSDAFLFGAM CVIKDIKPNS REPFECYHMS HIESGLGLKR 201: KHLIAISLLV GNDYDSGGVL GIGVDKALRI VREFSEDQVL ERLQDIGNGL QPAVPGGIKS GDDGEEFRSE MKKRSPHCSR CGHLGSKRTH FKSSCEHCGC 301: DSGCIKKPLG FRCECSFCSK DRDLREQKKT NDWWIKVCDK IALAPEFPNR KIIELYLSDG LMTGDGSSMS WGTPDTGMLV DLMVFKLHWD PSYVRKMLLP 401: MLSTIYLREK ARNNTGYALL CDQYEFHSIK CIKTRYGHQS FVIRWRKPKS TSGYSHSHSE PEESIVVLEE EEESVDPLDG LNEPQVQNDN GDCFLLTDEC 501: IGLVQSAFPD ETEHFLHEKK LRESKKKNVS EEETATPRAT TMGVQRSITD FYRSAKKAAA GQSIETGGSS KASAEKKRQA TSTSSSNLTK SVRRRLLFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)