AT4G15770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.582 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA binding; FUNCTIONS IN: RNA binding; INVOLVED IN: ribosome assembly, ribosome biogenesis; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pseudouridine synthase/archaeosine transglycosylase-like (InterPro:IPR015947), Ribosome biogenesis factor NIP7-like (InterPro:IPR005155), Pseudouridine synthase/archaeosine transglycosylase (InterPro:IPR002478), Ribosome biogenesis factor, NIP7 (InterPro:IPR016686); Has 438 Blast hits to 438 proteins in 213 species: Archae - 5; Bacteria - 0; Metazoa - 151; Fungi - 132; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 101 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8978060..8978623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20611.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 187 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRPLDETETT VVFEKLFKFV GNNLKKIVEN PSDEGPESTP GSYCFRLQKN RVYYVSEALV KRATNISRKN LVSFGTCIGK YTHAGSFHLT IMSLNILAAN 101: AKHKVWLKPT SEMSFLYGNH VLKGGLGRIT DSIVPGDGVV VFSMSDVPLG FGIAAKSTQD CRKLDPNGIV VLHQADIGEY LRGEDDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)