AT5G60790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of GCN subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GENERAL CONTROL NON-REPRESSIBLE 1 (GCN1); FUNCTIONS IN: transporter activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: general control non-repressible 3 (TAIR:AT1G64550.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24453760..24455767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66889.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 595 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSDASKKKA AQKKAAAAAK RGGKAAAPSK SAATSSNGVD SLSSGVDALQ ISDRTCTGVL CSHPQSRDIR IESLSVTFHG YDLIVDSMLE LNYGRRYGLL 101: GLNGCGKSTL LTAIGRREIP IPDQMDIYHL SHEIEATDMS SLEAVVSCDE ERLRLEKEVE ILVQQDDGGG ERLQSIYERL DAMDAETAEK RAAEILFGLG 201: FDKEMQAKKT KDFSGGWRMR IALARALFIM PTILLLDEPT NHLDLEACVW LEESLKNFDR ILVVVSHSQD FLNGVCTNII HMQSKQLKYY TGNFDQYCQT 301: RSELEENQMK QYRWEQEQIS HMKEYIARFG HGSAKLARQA QSKEKTLAKM ERGGLTEKVA RDSVLVFRFA DVGKLPPPVL QFVEVSFGYT PDYLIYKNID 401: FGVDLDSRVA LVGPNGAGKS TLLKLMTGEL HPTEGMVRRH NHLKIAQYHQ HLAEKLDLEL PALLYMMREF PGTEEEKMRA AIGRFGLTGK AQVMPMKNLS 501: DGQRSRVIFA WLAYKQPNML LLDEPTNHLD IETIDSLAEA LNEWDGGLVL VSHDFRLINQ VAHEIWVCEK QCITKWNGDI MDFKRHLKAK AGLED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)