AT1G77840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Translation initiation factor IF2/IF5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Translation initiation factor IF2/IF5; FUNCTIONS IN: binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, regulation of translational initiation; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal (InterPro:IPR016189), Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding (InterPro:IPR016190), eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon (InterPro:IPR003307), Translation initiation factor IF2/IF5 (InterPro:IPR002735), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Translation initiation factor IF2/IF5 (TAIR:AT1G36730.1); Has 4597 Blast hits to 3869 proteins in 471 species: Archae - 198; Bacteria - 234; Metazoa - 1589; Fungi - 711; Plants - 391; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 1462 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29269087..29270400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48642.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALQNIGASN RNDAFYRYKM PKMVTKTEGK GNGIKTNIIN NVEIAKALAR PPSYTTKYFG CELGAQSKFD EKTGTSLVNG AHNTSKLAGL LENFIKKFVQ 101: CYGCGNPETE IIITKTQMVN LKCAACGFIS EVDMRDKLTN FILKNPPEQK KVSKDKKAMR KAEKERLKEG ELADEEQRKL KAKKKALSNG KDSKTSKNHS 201: SDEDISPKHD ENALEVDEDE DDDDGVEWQT DTSREAAEKR MMEQLSAKTA EMVMLSAMEV EEKKAPKSKS NGNVVKTENP PPQEKNLVQD MKEYLKKGSP 301: ISALKSFISS LSEPPQDIMD ALFNALFDGV GKGFAKEVTK KKNYLAAAAT MQEDGSQMHL LNSIGTFCGK NGNEEALKEV ALVLKALYDQ DIIEEEVVLD 401: WYEKGLTGAD KSSPVWKNVK PFVEWLQSAE SESEEED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)