AT1G48040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein phosphatase 2C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein phosphatase 2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: protein amino acid dephosphorylation; LOCATED IN: protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT3G17250.1); Has 6585 Blast hits to 6541 proteins in 378 species: Archae - 8; Bacteria - 146; Metazoa - 1665; Fungi - 743; Plants - 2687; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1327 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:17720064..17721698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42107.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILSQTMVAE AEIRVLDVKC HISAPKDQKN FQIDEVRVSE SVRAEISGSA ETPRFGSGMS CVTTTIGESA SDFIPTIRSG SFADIRSRET MEDEHICIDD 101: LSAHLGSYNF SVPSAFYGVF DGHGGPEAAI FMKENLTRLF FQDAVFPEMP SIVDAFFLEE LENSHRKAFA LADLAMADET IVSGSCGTTA LTALIIGRHL 201: LVANAGDCRA VLCRRGVAVD MSFDHRSTYE PERRRIEDLG GYFEDGYLNG VLAVTRAIGD WELKNPFTDS SSPLISDPEI GQIILTEDDE FLILACDGIW 301: DVLSSQNAVS NVRQGLRRHG DPRQCAMELG KEAARLQSSD NMTVIVICFS SVPSSPKQPQ RRRLRFCVSD EARARLQAML AGE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)