AT4G12400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.906 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : stress-inducible protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
stress-inducible protein, putative; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to high light intensity, response to hydrogen peroxide, response to heat, response to stress; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: stress-inducible protein, putative (TAIR:AT1G62740.1); Has 51058 Blast hits to 20866 proteins in 1460 species: Archae - 1964; Bacteria - 17234; Metazoa - 10505; Fungi - 2946; Plants - 4231; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 14171 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7339024..7341239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60450.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEEAKSKGN AAFSSGDYAT AITHFTEAIN LSPTNHILYS NRSASYASLH RYEEALSDAK KTIELKPDWS KGYSRLGAAF IGLSKFDEAV DSYKKGLEID 101: PSNEMLKSGL ADASRSRVSS KSNPFVDAFQ GKEMWEKLTA DPGTRVYLEQ DDFVKTMKEI QRNPNNLNLY MKDKRVMKAL GVLLNVKFGG SSGEDTEMKE 201: ADERKEPEPE MEPMELTEEE RQKKERKEKA LKEKGEGNVA YKKKDFGRAV EHYTKAMELD DEDISYLTNR AAVYLEMGKY EECIEDCDKA VERGRELRSD 301: FKMIARALTR KGSALVKMAR CSKDFEPAIE TFQKALTEHR NPDTLKKLND AEKVKKELEQ QEYFDPTIAE EEREKGNGFF KEQKYPEAVK HYSEAIKRNP 401: NDVRAYSNRA ACYTKLGALP EGLKDAEKCI ELDPSFTKGY SRKGAIQFFM KEYDKAMETY QEGLKHDPKN QEFLDGVRRC VEQINKASRG DLTPEELKER 501: QAKAMQDPEV QNILSDPVMR QVKAVASIVF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)