AT1G12440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : A20/AN1-like zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
A20/AN1-like zinc finger family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, AN1-type (InterPro:IPR000058), Zinc finger, A20-type (InterPro:IPR002653); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: A20/AN1-like zinc finger family protein (TAIR:AT4G12040.2); Has 1075 Blast hits to 1057 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 452; Fungi - 9; Plants - 482; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 126 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4241816..4242322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17820.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 168 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSEQNDSTS FSPSEPKLCV KGCGFFGSPS NMNLCSKCYR DIRATEEQTA SAKAAVEKSL NPNKPKTQPQ QSQEITQGVL GSGSSSSSTR GGDSAAAPLD 101: PPKSTATRCL SCNKKVGVTG FKCRCGSTFC GTHRYPESHE CQFDFKGVAR EAIAKANPVV KADKVDRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)