AT1G50370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.642 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, protein serine/threonine phosphatase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase (InterPro:IPR006186); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: flower-specific, phytochrome-associated protein phosphatase 3 (TAIR:AT3G19980.1); Has 6872 Blast hits to 6704 proteins in 524 species: Archae - 81; Bacteria - 295; Metazoa - 2372; Fungi - 1410; Plants - 974; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 1730 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18658894..18661672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34821.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLDQWISKV KDGQHLSEDE LQLLCEYVKE ILIEESNVQP VNSPVTVCGD IHGQFHDLMK LFQTGGHVPE TNYIFMGDFV DRGYNSLEVF TILLLLKARH 101: PANITLLRGN HESRQLTQVY GFYDECQRKY GNANAWRYCT DVFDYLTLSA IIDGTVLCVH GGLSPDVRTI DQIRLIERNC EIPHEGPFCD LMWSDPEDIE 201: TWAVSPRGAG WLFGSRVTTE FNHINNLDLV CRAHQLVQEG LKYMFQDKGL VTVWSAPNYC YRCGNVASIL SFNDNMEREV KFFTETEENN QMRGPRTGVP 301: YFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)