AT2G26590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.938 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle non-ATPase 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle non-ATPase 13 (RPN13); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: cell adhesion; LOCATED IN: integral to membrane, nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 26S proteasome complex ubiquitin receptor, subunit Rpn13 (InterPro:IPR006773); Has 502 Blast hits to 414 proteins in 147 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 316; Fungi - 61; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 71 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11311182..11314717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33299.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSEAFPVM QEIMLEFRAG KMSLQGTRVV PDARKGLVRI ARGDEGLIHF QWLDRNQNTV EDDQIVFPDE ALFEKVNQSS DRVYILKFNS DDRKLFFWMQ 101: EPRAEGDAEL CSSVNQYLNQ PLEFPGEEGL AAAITEELED MAEDNTSSRA GNLVVPNLSS EVSDVTSSSG PVKLADLQRI LNNLSGGPVG IAGDQDEGLA 201: LGDILKPELI MPLLEALPVQ ERLSSHLPEG HSRAEDILEL LQSPPFRQQV DAFTYVLRTG QIDLTQFGID PSKYKFTVDS FLEALEDSVS TQSRDAMDES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)