AT3G07740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of yeast ADA2 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a transcriptional adaptor ADA2a that interacts with histone acetyltransferase GCN5 homolog and CBF1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of yeast ADA2 2A (ADA2A); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: response to cold; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Transcriptional adaptor 2 (InterPro:IPR016827), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), SWIRM (InterPro:IPR007526), SANT, eukarya (InterPro:IPR017884), Zinc finger, ZZ-type (InterPro:IPR000433); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of yeast ADA2 2B (TAIR:AT4G16420.2); Has 1807 Blast hits to 1600 proteins in 233 species: Archae - 4; Bacteria - 36; Metazoa - 932; Fungi - 285; Plants - 203; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 347 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2470014..2473062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62045.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 548 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRSKLASRP AEEDLNPGKS KRKKISLGPE NAAASISTGI EAGNERKPGL YCCNYCDKDL SGLVRFKCAV CMDFDLCVEC FSVGVELNRH KNSHPYRVMD 101: NLSFSLVTSD WNADEEILLL EAIATYGFGN WKEVADHVGS KTTTECIKHF NSAYMQSPCF PLPDLSHTIG KSKDELLAMS KDSAVKTEIP AFVRLSPKEE 201: LPVSAEIKHE ASGKVNEIDP PLSALAGVKK KGNVPQAKDI IKLEAAKQQS DRSVGEKKLR LPGEKVPLVT ELYGYNLKRE EFEIEHDNDA EQLLADMEFK 301: DSDTDAEREQ KLQVLRIYSK RLDERKRRKE FVLERNLLYP DQYEMSLSAE ERKIYKSCKV FARFQSKEEH KELIKKVIEE HQILRRIEDL QEARTAGCRT 401: TSDANRFIEE KRKKEAEESM LLRLNHGAPG SIAGKTLKSP RGLPRNLHPF GSDSLPKVTP PRIYSGLDTW DVDGLLGADL LSETEKKMCN ETRILPVHYL 501: KMLDILTREI KKGQIKKKSD AYSFFKVEPS KVDRVYDMLV HKGIGDST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)