AT2G40930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ubiquitin-specific protease with nuclear localization signals that is likely to be involved in ubiquitin-mediated protein degradation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 5 (UBP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin-specific peptidase, DUSP domain (InterPro:IPR006615), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 9 (TAIR:AT4G10570.1); Has 10784 Blast hits to 7330 proteins in 261 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 5578; Fungi - 1854; Plants - 1330; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 2010 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17076714..17082192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103880.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 924 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEVSMGSSS SSTDLSPEEE RVFIRDIAIA AEANSKEGDT FYLITQRWWQ EWIEYVNQDQ PCNTNDGSSL SEHCDSPGSS TLKKPSRIDN SDLIYDSSLE 101: DPSNTSEIIE TLQEGRDYVL LPQEVWNQLR SWYGGGPTLA RRVISSGLSQ TELAVEVYPL RLQLLLMPKS DHSAIRISKK ETIRELHRRA CEIFDLDSEH 201: VRIWDYYGHQ KYSLMNDLDK TLDDANLQMD QDILVEVLDI NGTLSSAHIQ SAQENGLVDG DSTSILIEPS KSSLAAAGGF SSSRNAFRTG SVEVSQSFDN 301: TYSSTGVTTR GSTAGLTGLL NLGNTCFMNS AIQCLVHTPE FASYFQEDYH QEINWQNPLG MVGELALAFG DLLRKLWAPG RTPIAPRPFK AKLARFAPQF 401: SGYNQHDSQE LLAFLLDGLH EDLNRVKHKP YINSRDADGR PDEEVADEFW KNHIARNDSI IVDVCQGQYK STLVCPICNK VSVTFDPFMY LSLPLQFNTT 501: RAITVTVFSC DKTALPSTIT VNVSKQGRCR DLIQALTNAC SLKQSEELKL AEIRNNFIHR LFEDPLIPLS SIKDDDHLAA YKLSKSSENT TLLRLVLRRR 601: DQKAGEREST VQLKPCGTPL LSSASCGDAL TKGKIHCLVQ NMLSPFRREE SVGKKGNSDS SIPERRSARF NNTEEEDKVG GLKKAKKSNS SDLGASKLSL 701: QLIDEDNKTI NLPDNEAEAM KLPSSATVTI YLDWTPELSG MYDITCLESL PEVLKYGPTT KKARSEPLSL YACLEAFLRE EPLVPDEMWF CPQCNERRQA 801: SKKLDLWRLP EVLVIHLKRF SYSRSMKHKL ETFVNFPIHD LDLTKYVANK NLSQPQLYEL YALTNHYGGM GSGHYTAHIK LLDDSRWYNF DDSHISHINE 901: DDVKSGAAYV LFYRRKSDAG GKMT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)