AT1G55250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone mono-ubiquitination 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of two orthologous E3 ubiquitin ligases in Arabidopsis that are involved in monoubiquitination of histone H2B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone mono-ubiquitination 2 (HUB2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone mono-ubiquitination 1 (TAIR:AT2G44950.1); Has 74071 Blast hits to 42895 proteins in 2604 species: Archae - 973; Bacteria - 11117; Metazoa - 35835; Fungi - 6236; Plants - 4620; Viruses - 230; Other Eukaryotes - 15060 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20607214..20612302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103402.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 900 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENQESDEPM QKKPHLLDSV SPNSMARNSS PSHPIAKSVS FFDCDFSLLC LRLVDYEIDV DATVLQLQNQ KLVQQLDLQK KQLYDVESKI QELQLNQTSY 101: DDELISVNQL WNQLVDDLIL LGVRAGANQE ALNYLDIVDK KRVPPCAADE TFLCRLLQVD SLDTSKSDEV VRKVEEALAL RHSSTMELMG LFENTIDTQK 201: TKAESISQSL HAVKSTEDAT IQLSSINDLM KEESKNLREM IDALHVRHKE HSEQIQAYIS SHSTDQSELK HLKGQLEEIK AELEENRRKL ITLKMQKDAA 301: CEGHVTSPAI ANGSLSPEKP VDKTKLRELK DSIDEIKIMA EGRLSELQAS QEYNLSLSRQ CQDIENELKD DQYIYSSRLY SLINDRIHHW NAELDRYKIL 401: TEAIQAERSF VMRRDKELNL RAESLEAANH KTTTVGSRIE VLEKKLQSCI IEKNGLELET EEAIQDSERQ DIKSEFIAMA STLSKEMEMM EAQLKRWKDT 501: AQDALYLREQ AQSLRVSLSN KADEQKGLED KCAKQMAEIK SLKALIEKLL KEKLQLQNLA SICTRECNDD RGLAEIKDSQ RKAQAQAEEL KNVLDEHFLE 601: LRVKAAHETE SACQERLATA KAEIAELRTQ LDLSEREVLE LKEGIKVKEQ EAEASIAEME TIGQAYEDMQ TQNQHLLQQV AERDDYNIKL VSESVKTKHA 701: YNTHLSEKQV MEKQLHQVNA SVENFKARIA HNEEQMKGCF SEAYKLIQED RHLVISLETT KWEVADADKE FRWLKSAVSS SEKEYEQISR RTDDIKLELD 801: DERREKKKLE EELMELNKEL EELGSESVEA AIVRLQEEVK NCKNILKCGV CFDRPKEVVI VKCYHLFCQQ CIQRSLEIRH RKCPGCGTAF GQNDVRLVKM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)