AT3G54230.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : suppressor of abi3-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a splicing factor SUA (suppressor of abi3-5), homologous to the human protein RBM5. Controls alternative splicing of the developmental regulator ABI3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
suppressor of abi3-5 (SUA); FUNCTIONS IN: nucleotide binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), D111/G-patch (InterPro:IPR000467), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ortholog of human splicing factor SC35 (TAIR:AT5G64200.2); Has 996294 Blast hits to 498601 proteins in 22091 species: Archae - 21896; Bacteria - 611740; Metazoa - 183692; Fungi - 26269; Plants - 56661; Viruses - 72133; Other Eukaryotes - 23903 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20073872..20080142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 112573.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1007 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MDPSRYGRQQ EWDNNSAPEG YGTQHDPNHR FGVSYDDGYP DERLMRDDVY NYPPGHNTLG DLPQSRKRNY EENYPSELRR QEKPYIDSNY AADYYHDSEA 0101: GSRNGHYRDH EHERSSRYDG CDDYSCNDNN YRSKNYHHSR DDGREKDYDY TRRSYDSEYE RASVRDGSRK SRDPQDRERN SRDREWDSRD REWDKRCYSR 0201: ERDESPHKRY EKSRSRSTGR GEFSRSRSPR GRSHGRSYRE DSYEGDHWNE SERRREYEDR HNQDHFSATP SATVVVKGLS MKSTEEDLYQ ILAEWGPLHH 0301: VRVIREQNSG ISRGFAFIDF PTVDAARTMM DRIEHDGIVL DGRKLMFHYS QPTGRAGVSR RQEHASRRSY GGSRNMIVPT DWICTICGCI NFARRTSCFQ 0401: CNEPKTKDSP SADVGLSNSA AGKRISETGP THVLVVRGLD EDADEEMLRY EFSKHAPIKD LRLVRDKFTH VSRGFAFVHF YSVEDATKAL EATNRTALER 0501: NGKILRVAYA KSVHGSGTGI SAPSHSNNLA AAAIEAATFS QQYDGVGWAP KEYNTGEKQN TGGQAQGVGE IESQKGTSAP QSGYVWDEAS GYYYDAASGY 0601: YYDGNSGLYY DSNSGLWYSY DQQTQQYVPC PDQNNESKVT ENQPDSAKKE KSSQQKVIIS AATTPNVEKV LSLPDAVQAA AAAAIASEKR EKERVKEIKL 0701: ASKTSLLASK KKMSNVLTMW KQRSHETQIQ RPSPSLGDNP PTVSAEARSS FSTGQSMGKL KSDVIIAKER STSNHGVSAL TTAESSSSST TGGTLMGVMR 0801: GSFGGTLGGA SSSASVQMPP ILPSASPASV SVSGSGRRRF SETPTAGPTH REQPQTSYRD RAAERRNLYG SSTSSGNDVI DSSEDLMGLR KGSSDPTPFP 0901: PGVGGRGITT STEVSSFDVI TEERAIDESN VGNRMLRNMG WHEGSGLGKD GSGMKEPVQA QGVDRRAGLG SQQKKVDAEF EVQPGDTYRT LLHKKALARF 1001: RDMSDNN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)