AT5G58003.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C-terminal domain phosphatase-like 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a polypeptide that contains FCPH and BRCT domains. RNAi suppression mutant lines were generated, which displayed a range of phenotypic abnormalities, including: incomplete to no cotyledon expansion, slow growth, epinastic leaves or small inflorescences. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
C-terminal domain phosphatase-like 4 (CPL4); FUNCTIONS IN: phosphoprotein phosphatase activity; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FCP1-like phosphatase, phosphatase domain (InterPro:IPR011947), NLI interacting factor (InterPro:IPR004274), BRCT (InterPro:IPR001357); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C-terminal domain phosphatase-like 3 (TAIR:AT2G33540.1); Has 1202 Blast hits to 1005 proteins in 219 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 364; Fungi - 271; Plants - 333; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 234 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23480066..23481924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50266.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 440 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVASDSPVH SSSSSDDLAA FLDAELDSAS DASSGPSEEE EAEDDVESGL KRQKLEHLEE ASSSKGECEH PGSFGNMCFV CGQKLEETGV SFRYIHKEMR 101: LNEDEISRLR DSDSRFLQRQ RKLYLVLDLD HTLLNTTILR DLKPEEEYLK SHTHSLQDGC NVSGGSLFLL EFMQMMTKLR PFVHSFLKEA SEMFVMYIYT 201: MGDRNYARQM AKLLDPKGEY FGDRVISRDD GTVRHEKSLD VVLGQESAVL ILDDTENAWP KHKDNLIVIE RYHFFSSSCR QFDHRYKSLS ELKSDESEPD 301: GALATVLKVL KQAHALFFEN VDEGISNRDV RLMLKQVRKE ILKGCKIVFS RVFPTKAKPE DHPLWKMAEE LGATCATEVD ASVTHVVAMD VGTEKARWAV 401: REKKYVVHRG WIDAANYLWM KQPEENFGLE QLKKQLTEEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)