AT3G04100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 57 (AGL57); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: antipodal cell, embryo; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 59 (TAIR:AT1G28460.1); Has 5663 Blast hits to 5663 proteins in 656 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 626; Fungi - 298; Plants - 4676; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 63 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1075299..1075922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24099.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 207 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTKQAKGR KTKGKQKIEM KKVENYGDRM ITFSKRKTGI FKKMNELVAM CDVEVAFLIF SQPKKPYTFA HPSMKKVADR LKNPSRQEPL ERDDTRPLVE 101: AYKKRRLHDL VKKMEALEEE LAMDLEKLKL LKESRNEKKL DKMWWNFPSE GLSAKELQQR YQAMLELRDN LCDNMAHLRL GKDCGGSSSV RVGRRVSGGV 201: RLFDREA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)