AT2G38250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: stamen; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), MYB-like (InterPro:IPR017877); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G01380.1); Has 3356 Blast hits to 2254 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 69; Metazoa - 1338; Fungi - 313; Plants - 554; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 1075 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16018384..16019500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34309.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGHQHHHLH QLQYLNKHHL HTQSQTPEIA SPVAVGDRFP QWSVEETKEL IGIRGELDQT FMETKRNKLL WEVISNKMRD KSFPRSPEQC KCKWKNLVTR 101: FKGCETMEAE TARQQFPFYD DMQNIFTTRM QRMLWAESEG GGGGTSGAAR KREYSSDEEE ENVNEELVDV SNDPKILNPK KNIAKKRKGG SNSSNSNNGV 201: REVLEEFMRH QVRMESEWRE GWEAREKERA EKEEEWRRKM EELEKERLAM ERMWRDREEQ RRSREEMRAE KRDSLINALL AKLTRDGSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)