AT1G29940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear RNA polymerase A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a subunit of RNA polymerase 1 (aka RNA polymerase A). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nuclear RNA polymerase A2 (NRPA2); FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, ribonucleoside binding, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 (InterPro:IPR007120), RNA polymerase Rpb2, domain 7 (InterPro:IPR007641), RNA polymerase, beta subunit, protrusion (InterPro:IPR007644), RNA polymerase I, Rpa2 specific (InterPro:IPR009674), DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 (InterPro:IPR015712), RNA polymerase Rpb2, domain 3 (InterPro:IPR007645), RNA polymerase Rpb2, domain 2 (InterPro:IPR007642), RNA polymerase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR007121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear RNA polymerase C2 (TAIR:AT5G45140.1); Has 19116 Blast hits to 18561 proteins in 6776 species: Archae - 498; Bacteria - 7658; Metazoa - 537; Fungi - 3600; Plants - 1857; Viruses - 241; Other Eukaryotes - 4725 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10479322..10486670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 132389.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1178 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MVVNAKDSTV PTMEDFKELH NLVTHHIESF DYMTLKGLDV MFNRIKPVSV YDPNTENELS IWLENPLVFA PQKESFKSTS RKEPLLPFEC RQAKISYTGT 0101: FMADVCFKYN DGVVVRDKFD FGQFPIMLMS KLCSLKGADC RKLLKCKEST SEMGGYFILN GIERVFRCVI APKRNHPTSM IRNSFRDRKE GYSSKAVVTR 0201: CVRDDQSSVT VKLYYLRNGS ARVGFWIVGR EYLLPVGLVL KALTNSCDEE IYESLNCCYS EHYGRGDGAI GTQLVRERAK IILDEVRDLG LFTREQCRKH 0301: LGQHFQPVLD GVKKESLSIV AEAVLRDYLF VHLDNDHDKF NLLIFIIQKL YSLVDQTSLP DNPDSLQNQE ILVPGHVITI YLKEKLEEWL RKCKSLLKDE 0401: LDNTNSKFSF ESLADVKKLI NKNPPRSIGT SIETLLKTGA LKTQSGLDLQ QRAGYTVQAE RLNFLRFLSF FRAVHRGASF AGLRTTTVRK LLPESWGFLC 0501: PVHTPDGTPC GLLNHMTRTS RITSQFDSKG NIRDFLKIRK SVVDVLTGAG MVPSLPKLVR AGPPKVIHVL LDGQVVGTLS SNLVTKVVSY IRRLKVEAPS 0601: VIPEDLEVGY VPTSMGGSYP GLYLASCPAR FIRPVKNISI PSDNIELIGP FEQVFMEISC PDGGNGGRNN SSLATHEEIH PTGMISVVAN LTPWSDHNQS 0701: PRNMYQCQMA KQTMAYSTQA LQFRADQKIY HLQTPQSPVV RTKTYTTYSI DENPTGTNAI VAVLAHTGFD MEDAMILNKS SVERGMCHGQ IYQTENIDLS 0801: DQNSRFDSGS KSFRRSTNKA EHFRIDADGL PSVGQKLYPD EPYCSIYDEV TNKTRHMKRK GTDPVIVDFV SVDMKSKKHP QRANIRFRHA RNPIIGDKFS 0901: SRHGQKGVCS QLWPDIDMPF NGVTGMRPDL IINPHAFPSR MTIAMLLESI AAKGGSLHGK FVDATPFRDA VKKTNGEEES KSSLLVDDLG SMLKEKGFNH 1001: YGTETLYSGY LGVELKCEIF MGPVYYQRLR HMVSDKFQVR STGQVDQLTH QPIKGRKRGG GIRFGEMERD SLLAHGASYL LHDRLHTSSD HHIADVCSLC 1101: GSLLTSSVVN VQQKKLIQEI GKLPPGRTPK KVTCYSCKTS KGMETVAMPY VFRYLAAELA SMNIKMTLQL SDREGVTD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)