AT1G16430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex; FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription mediator activity; INVOLVED IN: regulation of transcription from RNA polymerase II promoter; LOCATED IN: mediator complex; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex, subunit Med22 (InterPro:IPR009332); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex (TAIR:AT1G07950.1); Has 238 Blast hits to 238 proteins in 79 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 161; Fungi - 12; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5614632..5615397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16180.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 150 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMNKGGGSGG GSGPTAAAAA AALQKQKALL QRVDTDITSV VDNFNQIVNV ARVSDPPMKN SQEAYMMEMR ASRLVQAADS LLKLVSELKQ TAIFSGFASL 101: NDHVEQRIAE FDQEAEKTNR LLARIADDAS ASLKELESHY YSSAQRSTLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)