AT1G54250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase Rpb8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
One of two highly similar proteins that can serve as non-catalytic subunits of Nuclear RNA polymerases II and V; homologous to budding yeast RPB8. Probably redundant with At3g59600. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB8A; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase II, core complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), RNA polymerase, Rpb8 (InterPro:IPR005570); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase Rpb8 (TAIR:AT3G59600.1); Has 513 Blast hits to 511 proteins in 218 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 139; Fungi - 205; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 85 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20255210..20256335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16512.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNIILFED IFVVDQLDPD GKKFDKVTRV QATSHNLEMF MHLDVNTEVY PLAVGDKFTL ALAPTLNLDG TPDTGYFTPG AKKTLADKYE YIMHGKLYKI 101: SERDGKTPKA ELYVSFGGLL MLLKGDPAHI SHFELDQRLF LLMRKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)