AT3G10690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA GYRASE A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNA GYRASE A (GYRA); FUNCTIONS IN: DNA topoisomerase activity, catalytic activity, ATP binding; INVOLVED IN: DNA topological change, DNA metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, nucleoid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA gyrase, subunit A (InterPro:IPR005743), DNA topoisomerase, type IIA, subunit A/C-terminal (InterPro:IPR002205), DNA topoisomerase, type IIA, subunit A/ C-terminal, alpha-beta (InterPro:IPR013758), DNA topoisomerase, type IIA, subunit A, alpha-helical (InterPro:IPR013757), DNA topoisomerase, type IIA, central (InterPro:IPR013760), DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal beta-pinwheel (InterPro:IPR006691); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: topoisomerase II (TAIR:AT3G23890.1); Has 22353 Blast hits to 21396 proteins in 3265 species: Archae - 84; Bacteria - 12907; Metazoa - 182; Fungi - 204; Plants - 111; Viruses - 99; Other Eukaryotes - 8766 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3339612..3346243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104544.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 950 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTPVLCHSTA SIPNPNSLMS LSSTLRLSSS LLRRSFFRFP LTDPLCRLRR TEPSATRFFS SRTPRSGKFV VGAGKRGDEQ VKEESGANNG GLVVSGDESR 101: IVPFELHKEA TESYMSYALS VLLGRALPDV RDGLKPVHRR ILFAMHELGM SSKKPYKKCA RVVGEVLGKF HPHGDTAVYD SLVRMAQSFS LRCPLIQGHG 201: NFGSIDADPP AAMRYTECRL DPLAEAVLLS DLDQDTVDFV ANFDNSQKEP AVLPARLPAL LLNGASGIAV GMATNIPPHN LGELVDVLCA LIHNPEATLQ 301: ELLEYMPAPD FPTGGIIMGN LGVLDAYRTG RGRVVVRGKA EVELLDPKTK RNAVIITEIP YQTNKATLVQ KIAELVENKT LEGISDIRDE SDRNGMRVVI 401: ELKRGGDPAL VLNNLYRHTA LQSSFSCNMV GICDGEPKLM GLKELLQAFI DFRCSVVERR ARFKLSHAQQ RKHIIEGIVV GLDNVDEVIE LITKASSHSS 501: ATAALQSEYG LSEKQAEAIL EITLRRLTAL ERKKFTDESS SLTEQITKLE QLLSTRTNIL KLIEQEAIEL KDRFSSPRRS MLEDSDSGDL EDIDVIPNEE 601: MLMAVSEKGY VKRMKADTFN LQHRGTIGKS VGKLRVDDAM SDFLVCHAHD HVLFFSDRGI VYSTRAYKIP ECSRNAAGTP LVQILSMSEG ERVTSIVPVS 701: EFAEDRYLLM LTVNGCIKKV SLKLFSGIRS TGIIAIQLNS GDELKWVRCC SSDDLVAMAS QNGMVALSTC DGVRTLSRNT KGVTAMRLKN EDKIASMDII 801: PASLRKDMEE KSEDASLVKQ STGPWLLFVC ENGYGKRVPL SSFRRSRLNR VGLSGYKFAE DDRLAAVFVV GYSLAEDGES DEQVVLVSQS GTVNRIKVRD 901: ISIQSRRARG VILMRLDHAG KIQSASLISA ADEEETEGTL SNEAVEAVSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)