AT1G79560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an FtsH protease that is localized to the chloroplast. Mutations in this locus result in embryo lethality. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 12 (FTSH12); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH protease 1 (TAIR:AT1G50250.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29926976..29932308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 115111.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1008 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEIAISYKPN PLISSSTQLL KRSKSFGLVR FPAKYGLGAT RKKQLFRVYA SESSSGSSSN SDGGFSWVRL AQSIRLGAER IGEKIGESVK TEIGFDSEEA 0101: SGRVNEYVAR VKDSVHKGHH ELTRFKNETV PSFIDWNKWE HWKDIRNWDG KRVAALFIYA FALLLSCQRV YVAIQAPRVE RERRELTESF MEALIPEPSP 0201: GNIEKFKRNM WRKATPKGLK LKRFIEAPDG TLVHDSSYVG ENAWDDDLET TEGSLKKIIG RNARIQTEAK KKLSQDLGVS GEIGDSVGNW RERLATWKEM 0301: LEREKLSEQL NSSAAKYVVE FDMKEVEKSL REDVIGRTSE TEGTRALWIS KRWWRYRPKL PYTYFLQKLD SSEVAAVVFT EDLKRLYVTM KEGFPLEYIV 0401: DIPLDPYLFE TICNAGVEVD LLQKRQIHYF MKVFIALLPG ILILWFIRES AMLLLITSKR FLYKKYNQLF DMAYAENFIL PVGDVSETKS MYKEVVLGGD 0501: VWDLLDELMI YMGNPMQYYE KDVAFVRGVL LSGPPGTGKT LFARTLAKES GLPFVFASGA EFTDSEKSGA AKINEMFSIA RRNAPAFVFV DEIDAIAGRH 0601: ARKDPRRRAT FEALIAQLDG EKEKTGIDRF SLRQAVIFIC ATNRPDELDL EFVRSGRIDR RLYIGLPDAK QRVQIFGVHS AGKNLAEDID FGKLVFRTVG 0701: FSGADIRNLV NEAAIMSVRK GRSYIYQQDI VDVLDKQLLE GMGVLLTEEE QQKCEQSVSY EKKRLLAVHE AGHIVLAHLF PRFDWHAFSQ LLPGGKETAV 0801: SVFYPREDMV DQGYTTFGYM KMQMVVAHGG RCAERVVFGD NVTDGGKDDL EKITKIAREM VISPQSARLG LTQLVKKIGM VDLPDNPDGE LIKYRWDHPH 0901: VMPAEMSVEV SELFTRELTR YIEETEELAM NALRANRHIL DLITRELLEK SRITGLEVEE KMKDLSPLMF EDFVKPFQIN PDDEELLPHK DRVSYQPVDL 1001: RAAPLHRS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)