AT3G28210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (AN1-like) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative zinc finger protein (PMZ). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PMZ; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to abscisic acid stimulus, response to chitin; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, AN1-type (InterPro:IPR000058); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C2H2 type, AN1-like) family protein (TAIR:AT2G41835.1); Has 518 Blast hits to 511 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 257; Fungi - 120; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 61 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10520585..10521223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20665.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 186 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGGGTEAFP DLGEHCQDPD CKLLDFLPFT CDGCKLVFCL EHRSYKSHNC PKSDHGSRTV SICETCSIAI ETTGFDEKGI KSLLEKHERS GDCDPNKKKK 101: PTCPVKRCKE ILTFANNLTC KYCGVKFCLK HRFPTDHVCN KKIINTAGTS SRWNERFMEA LSLRNQKGCG RGSSVSSKSS PSVRSF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)