AT3G53230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATPase, AAA-type, CDC48 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATPase, AAA-type, CDC48 protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, nucleoside-triphosphatase activity, binding, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: cytosol, nucleolus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Aspartate decarboxylase-like fold (InterPro:IPR009010), Cell division protein 48, CDC48, domain 2 (InterPro:IPR004201), ATPase, AAA-type, VAT, N-terminal (InterPro:IPR003338), ATPase, AAA-type, CDC48 (InterPro:IPR005938); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATPase, AAA-type, CDC48 protein (TAIR:AT5G03340.1); Has 66274 Blast hits to 38860 proteins in 3301 species: Archae - 1748; Bacteria - 29009; Metazoa - 8678; Fungi - 6310; Plants - 5885; Viruses - 85; Other Eukaryotes - 14559 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19723416..19726489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90345.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 815 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANQAESSDS KGTKKDFSTA ILEKKKAANR LVVDEAINDD NSVVSLHPDT MEKLQLFRGD TILIKGKKRK DTVCIALADE TCDEPKIRMN KVVRSNLRVR 101: LGDVISVHQC PDVKYGNRVH ILPLDDTIEG VSGNIFDAYL KPYFLEAYRP VRKGDLFLVR GGMRSIEFKV IETDPAEYCV VAPDTEIFCE GEPIKREDEE 201: RLDEVGYDDV GGVRKQMAQI RELVELPLRH PQLFKSIGVK PPKGILLYGP PGSGKTLIAR AVANETGAFF FCINGPEIMS KLAGESESNL RKAFEEAEKN 301: APSIIFIDEI DSIAPKREKT HGEVERRIVS QLLTLMDGLK SRAHVIVMGA TNRPNSIDPA LRRFGRFDRE IDIGVPDEIG RLEVLRIHTK NMKLAEDVDL 401: ERVSKDTHGY VGADLAALCT EAALQCIREK MDVIDLDDEE IDAEILNSMA VSNDHFQTAL GNSNPSALRE TVVEVPNVSW EDIGGLENVK RELQETVQYP 501: VEHPEKFEKF GMSPSKGVLF YGPPGCGKTL LAKAIANECQ ANFISIKGPE LLTMWFGESE ANVREIFDKA RQSAPCVLFF DELDSIATQR GNSVGDAGGA 601: ADRVLNQLLT EMDGMNAKKT VFIIGATNRP DIIDPALLRP GRLDQLIYIP LPDEESRYQI FKSCLRKSPV AKDVDLRALA KYTQGFSGAD ITEICQRSCK 701: YAIRENIEKD IEKERKRAES PEAMEEDEEE IAEIKAGHFE ESMKYARRSV SDADIRKYQA FAQTLQQSRG FGSEFRFPDA PTGTTGAFPG AAATVGGVDP 801: FATSGGAADD DDLYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)