AT4G03320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20-IV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20-IV (tic20-IV); LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised conserved protein ycf60 (InterPro:IPR019109), Chloroplast protein import component Tic20 (InterPro:IPR005691); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20 (TAIR:AT1G04940.1); Has 86 Blast hits to 84 proteins in 20 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1464529..1465820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32522.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQGLAATTTN RGSLTFLAPR NHSPISKKFV NPRVFFPNVD SSAKLRLSAS SISRRCPREI APLSATASVD FAAAATSSNQ LFANGLPPLA PGLRRHRRPI 101: EPARVAKDDF FKIKLPKIAE RPEWWWRTLA CVPYLISLQI SDVGFYVQPF LEKHDAIGDM IYFIPGAINR WPTWFFMVYC YLGYMWVVKN KELPHYLRFH 201: MMMGMLLETA LQVIWCTSNF FPLIHFKGRF GMYYWMAIGF TYICLLLECI RCALAGVYAQ IPFMTDAASI HTLFNLGGFQ RPLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)