AT1G32870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC domain protein 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NAC domain protein 13 (NAC13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 16 (TAIR:AT1G34180.1); Has 2951 Blast hits to 2946 proteins in 83 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 2; Plants - 2931; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:11911745..11913692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59324.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 528 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLSVENGGL APGFRFHPTD EELVVYYLKR KIRRKKLRVE AIGETDVYKF DPEELPEKAL YKTRDRQWFF FSLRDRKHGS RSSRATERGY WKATGKDRVI 101: HCDSRPVGEK KTLVFHRGRA PNGERTNWVM HEYTLHKEEL KRCGGEDVKD AYVLYKIYKK SGSGPKNGEQ YGAPFIEEEW AEDDDDDVDE PANQLVVSAS 201: VDNSLWGKGL NQSELDDNDI EELMSQVRDQ SGPTLQQNGV SGLNSHVDTY NLENLEEDMY LEINDLMEPE PEPTSVEVME NNWNEDGSGL LNDDDFVGAD 301: SYFLDLGVTN PQLDFVSGDL KNGFAQSLQV NTSLMTYQAN NNQFQQQSGK NQASNWPLRN SYTRQINNGS SWVQELNNDG LTVTRFGEAP GTGDSSEFLN 401: PVPSGISTTN EDDPSKDESS KFASSVWTFL ESIPAKPAYA SENPFVKLNL VRMSTSGGRF RFTSKSTGNN VVVMDSDSAV KRNKSGGNND KKKKKNKGFF 501: CLSIIGALCA LFWVIIGTMG GSGRPLLW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)