AT2G18193.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: callus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT2G18190.1); Has 23461 Blast hits to 21735 proteins in 2869 species: Archae - 1360; Bacteria - 7764; Metazoa - 3767; Fungi - 3122; Plants - 2740; Viruses - 37; Other Eukaryotes - 4671 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7917621..7919184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56472.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 495 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFPSSDFSFS PSSLFSAYAS LTGFLMLFRS MLHDFVPEKL RSYFSSLLDR FFTPKSKYLT VIIDENFGLN RNQVFDAAEM YLRSKIGPET ERLRVGKIPK 101: QKHFTISIER GEEILDTFEE SEVKWSYVQS ENEKGDKVKR YYELTFEKKL RDKVLNSYLT HVVAESEEIK RNLRVVKLYS RDVYASDDDD GMAGGNWGCI 201: NLEHPSTFDT LAMDPNAKKK IIDDLERFLK RKEFYKRVGK AWKRGYLLYG PPGTGKSSLI AAMANYLKFD VFDLELSSIY DNGELKRVLL STTNRSILVI 301: EDIDCNAEVR DREAENQEDE QIKGKVTLSG ILNFIDGLWS SFGDERIIVF TTNHKERLDP ALLRPGRMDV HINMSYCTGL GFRTLVSNYL GLDGLNHPLC 401: EEIEALVDST EVTPAELAEE LMQDDDTDVV LRGVISFVEK RKVERSKTKK EVSICKATDD DEKQNGSLGC VKKKKKGGKQ KGKGKGKGKA KTYLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)