AT3G28470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Duplicated homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of the R2R3 factor gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFECTIVE IN MERISTEM DEVELOPMENT AND FUNCTION 1 (TDF1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 103 (TAIR:AT5G56110.1); Has 8909 Blast hits to 8197 proteins in 475 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 781; Fungi - 493; Plants - 5873; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1757 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10674579..10675724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35814.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 317 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRPPCCDKS NVKKGLWTEE EDAKILAYVA IHGVGNWSLI PKKAGLNRCG KSCRLRWTNY LRPDLKHDSF STQEEELIIE CHRAIGSRWS SIARKLPGRT 101: DNDVKNHWNT KLKKKLMKMG IDPVTHKPVS QLLAEFRNIS GHGNASFKTE PSNNSILTQS NSAWEMMRNT TTNHESYYTN SPMMFTNSSE YQTTPFHFYS 201: HPNHLLNGTT SSCSSSSSST SITQPNQVPQ TPVTNFYWSD FLLSDPVPQV VGSSATSDLT FTQNEHHFNI EAEYISQNID SKASGTCHSA SSFVDEILDK 301: DQEMLSQFPQ LLNDFDY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)