AT1G69570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Dof-type zinc finger DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Dof-type zinc finger DNA-binding family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, Dof-type (InterPro:IPR003851); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Dof-type zinc finger DNA-binding family protein (TAIR:AT1G26790.1); Has 1305 Blast hits to 1151 proteins in 75 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 16; Fungi - 10; Plants - 1107; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 166 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26161771..26163230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44008.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 399 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKSRDTEIK LFGRTITSLL DVNCYDPSSL SPVHDVSSDP SKEDSSSSSS SCSPTIGPIR VPVKKSEQES NKFKDPYILS DLNEPPKAVS EISSPRSSKN 101: NCDQQSEITT TTTTSTTSGE KSTALKKPDK LIPCPRCESA NTKFCYYNNY NVNQPRYFCR NCQRYWTAGG SMRNVPVGSG RRKNKGWPSS NHYLQVTSED 201: CDNNNSGTIL SFGSSESSVT ETGKHQSGDT AKISADSVSQ ENKSYQGFLP PQVMLPNNSS PWPYQWSPTG PNASFYPVPF YWGCTVPIYP TSETSSCLGK 301: RSRDQTEGRI NDTNTTITTT RARLVSESLR MNIEASKSAV WSKLPTKPEK KTQGFSLFNG FDTKGNSNRS SLVSETSHSL QANPAAMSRA MNFRESMQQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)