AT3G26810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : auxin signaling F-box 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
auxin signaling F-box 2 (AFB2); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, auxin binding; INVOLVED IN: stamen development, pollen maturation, response to molecule of bacterial origin; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin signaling F-box 3 (TAIR:AT1G12820.1); Has 2856 Blast hits to 1854 proteins in 175 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 953; Fungi - 156; Plants - 1568; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 169 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9868342..9870464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64608.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 575 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNYFPDEVIE HVFDFVTSHK DRNAISLVCK SWYKIERYSR QKVFIGNCYA INPERLLRRF PCLKSLTLKG KPHFADFNLV PHEWGGFVLP WIEALARSRV 101: GLEELRLKRM VVTDESLELL SRSFVNFKSL VLVSCEGFTT DGLASIAANC RHLRDLDLQE NEIDDHRGQW LSCFPDTCTT LVTLNFACLE GETNLVALER 201: LVARSPNLKS LKLNRAVPLD ALARLMACAP QIVDLGVGSY ENDPDSESYL KLMAVIKKCT SLRSLSGFLE AAPHCLSAFH PICHNLTSLN LSYAAEIHGS 301: HLIKLIQHCK KLQRLWILDS IGDKGLEVVA STCKELQELR VFPSDLLGGG NTAVTEEGLV AISAGCPKLH SILYFCQQMT NAALVTVAKN CPNFIRFRLC 401: ILEPNKPDHV TSQPLDEGFG AIVKACKSLR RLSLSGLLTD QVFLYIGMYA NQLEMLSIAF AGDTDKGMLY VLNGCKKMKK LEIRDSPFGD TALLADVSKY 501: ETMRSLWMSS CEVTLSGCKR LAEKAPWLNV EIINENDNNR MEENGHEGRQ KVDKLYLYRT VVGTRMDAPP FVWIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)