AT4G19670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT5G60250.1); Has 3330 Blast hits to 3305 proteins in 225 species: Archae - 1; Bacteria - 6; Metazoa - 1257; Fungi - 660; Plants - 920; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10699383..10701342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60345.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENQEDSCEC EELPLNHLGD EEEFRSCCGD EELWLKGSDD IAKVVEEEKK DDLDDEFSVK MVFKGVSIFE RGDLGSGYSG IGVVLERSGD LELIQVQKKL 101: DFYVEESVAN YLALMDGLEV ALQNNLSSVV AVTDSELLYN QITREEQLEI PLLVALRERV LEKTSNLNGF VLKLAPFCDL DEALSLAQVA VGIVSSNLDG 201: DKPIENCSIC CEDRQSEMML SLKCTHKFCS HCMKTYVEGK VKTSEVPIRC PQVQCKHYLS AAECKSFLPV TTFKSFEEAN VCSKNNGKIY CPYPNCSFLL 301: DPQECLSSGR ASSSSSTQSE NSCCVECPVC ERFVCVDCGV PWHASMSCEE FQILPVDERY PDDITLHRLA RYKRWRRCQQ CRIMIELAQG CNHMTCRCGH 401: EFCYSCGAEY REGQQTCTCA FWDDDEEEQE NAVEENTIQE VEQWPWDTFN SIPTVMDAYS EQERSQLALI QRFLAGGGFS LSDHHTTYQS PPPPCTESSY 501: VEAAMKDLHQ LPWLERFVSV ISDDYYEEYN SQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)