AT5G47140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA transcription factor 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the GATA factor family of zinc finger transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GATA transcription factor 27 (GATA27); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 26 (TAIR:AT4G17570.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19145108..19147303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52603.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 470 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKQGPCYHC GVTSTPLWRN GPPEKPVLCN ACGSRWRTKG SLVNYTPLHA RAEGDETEIE DHRTQTVMIK GMSLNKKIPK RKPYQENFTV KRANLEFHTG 101: FKRKALDEEA SNRSSSGSVV SNSESCAQSN AWDSTFPCKR RTCVGRPKAA SSVEKLTKDL YTILQEQQSS CLSGTSEEDL LFENETPMLL GHGSVLMRDP 201: HSGAREEESE ASSLLVESSK SSSVHSVKFG GKAMKQEQVK RSKSQVLGRH SSLLCSIDLK DVFNFDEFIE NFTEEEQQKL MKLLPQVDSV DRPDSLRSMF 301: ESSQFKENLS LFQQLVADGV FETNSSYAKL EDIKTLAKLA LSDPNKSHLL ESYYMLKRRE IEDCVTTTSR VSSLSPSNNN SLVTIERPCE SLNQNFSETR 401: GVMRSPKEVM KIRSKHTEEN LENSVSSFKP VSCGGPLVFS YEDNDISDQD LLLDVPSNGS FPQAELLNMI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)